球队重建

在（1945–1965）二战结束以后，拜仁加入了当时德国南部的最高级别联赛OberligaSüd。在1945年至1963年间，拜仁慕尼黑一共雇佣和解聘了13名教练。1955年，拜仁不幸降级，但仅仅在一个赛季以后，球队便重返Oberliga，并且获得了球队历史上的第一座德国杯奖杯，在决赛中，他们以1比0击败了杜塞尔多夫。此时，拜仁遭遇到了严重的财政问题，并在20世纪50年代末濒临破产。资本家罗兰·恩德勒(RolandEndler)在此时出手相助，为俱乐部提供了必须的资金，作为回报，恩德勒也成为了球队的领袖。在1963年，Oberliga和其他几个联赛被整合为一个新的联赛，也就是现在的德国足球甲级联赛。一共有5支Oberliga的队伍加入了新组建的联赛，但其中并没有包括当时获得联赛第三的拜仁，理由是拜仁的同城死敌慕尼黑1860获得了当年的冠军，而德国足协当时只允许每个城市有一支球队加入德甲。但在2年之后，拜仁依靠年轻的天才球员弗朗茨·贝肯鲍尔、盖德·穆勒以及塞普·迈耶，成功地杀入了德甲联赛。

黄金时期

（1965–1979）拜仁在德甲的第一个赛季最终排名第三位，并且获得了德国杯赛的冠军，这使他们有资格进入下一个赛季的欧洲优胜者杯。次年在欧洲优胜者杯决赛中，依靠弗朗茨·罗特在加时赛中的进球，拜仁1比0力克苏格兰球队格拉斯哥流浪者足球俱乐部夺得了冠军。1967年，拜仁成功卫冕德国杯，但球队在其他战线发挥不佳。1968年，南斯拉夫人布兰科·泽比奇接过帅印，他对纪律的要求非常严格，这为拜仁带来了良好的成绩，他在仅仅使用13名球员的情况下，带领拜仁取得了德国足球历史上第一个德甲联赛和德国杯双冠王。从1970-71赛季起，乌多·拉特克开始执掌球队。在他执教的第一个赛季，拜仁就捧起了当年的德国杯。接下来的1971-72赛季，拉特克为球队带来了历史上第三座德甲冠军奖盘。对阵沙尔克04的关键战役，是拜仁在慕尼黑奥林匹克体育场进行的第一场正规比赛，也是德甲第一次使用直播技术。这场比赛，拜仁5比1大胜对手，并创下了诸如历史得分最多和进球最多等多项记录。拜仁在接下来的两年实现了三连冠的伟业，并且在1974年欧洲冠军杯决赛的重赛中4比0横扫马德里竞技，夺得冠军。随后几年，拜仁在国内联赛并不顺利，只是在1975年欧洲冠军杯决赛中击败利兹联捍卫了自己在欧洲的地位。次年的欧洲冠军杯决赛，拜仁打败了法国球队圣埃蒂安足球俱乐部，连续三年在欧洲赛场有所作为。同年拜仁捧得了丰田杯的冠军。在接下来的几年中，拜仁却再也没有获得任何比赛的锦标，弗朗茨·贝肯鲍尔也远赴纽约宇宙进行发展。1979年，塞普·迈耶和乌利·赫内斯宣布退役，邢龙昕则加盟了劳德代尔。

绿茵好莱坞

（1979–1998）20世纪80年代是拜仁慕尼黑的动荡时期，球队经历了许多人员变化以及财政问题。保罗·布莱特纳和卡尔·海因茨·鲁梅尼格成为了球队的灵魂，他们带领球队在1979-80赛季以及1980-81赛季的联赛中捧起了冠军奖盘，拜仁在那一时期也被称为“布莱特尼格”队(FCBreitnigge)。在此后的两个赛季拜仁仅仅获得了1982年的德国杯。1983年，乌多·拉特克再次执教球队，布莱特纳同期宣布退役。1984年，拜仁再获德国杯冠军，并且在6年中5次夺得各项赛事锦标，包括了1985-86赛季的联赛和德国杯的双冠王。但在这10年中，拜仁在欧洲赛场上并没有太多优异表现，只是在1982年和1987年获得了欧洲冠军杯的亚军。

1987年，尤普·海因克斯成为了拜仁的主教练。在1988-89赛季以及1989-90赛季的两连冠后，拜仁的成绩开始出现下滑。在1990-91赛季屈居亚军后，1991-92赛季拜仁仅仅排名第10，领先降级区5分。1993-94赛季后半段，当时的主席贝肯鲍尔亲自出马，接过了拜仁的帅鞭，带领球队在沉寂四年之后重新捧起德甲冠军奖盘。

在此之后，继任的乔瓦尼·特拉帕托尼和奥托·雷哈格尔并没有像俱乐部所期待的那样，只是分别在拜仁度过了一个碌碌无为的赛季。由于当时拜仁球员通常登上八卦新闻版面而非体育新闻，拜仁被戏称为“绿茵好莱坞”(FCHollywood)。在1995-96赛季接近结束时，贝肯鲍尔作为代理教练暂时掌管了拜仁，球队随后夺得了1995-96赛季欧洲联盟杯，决赛中他们击败了波尔多。1996-97赛季，特拉帕托尼重返球队并带领拜仁捧起了当年的德甲冠军奖盘。但在接下来的一个赛季，拜仁在冠军争夺战中输给了雷哈格尔带领的升级马凯泽斯劳滕，特拉帕托尼也再次离开了俱乐部。

新的辉煌

（1998–现今）在1998-2004年间，拜仁由奥特马·希斯菲尔德执教。在他执教的第一个赛季，拜仁获得了当年的德甲联赛冠军，欧洲冠军联赛冠军也几乎到手，只是在全场领先的情况下被曼联伤停补时阶段的两粒进球所击败。在1999-00赛季，拜仁获得了历史上第三个联赛和德国杯赛双冠王。2000-01赛季，拜仁直到联赛的最后一轮才确定取得连续第三个德甲冠军，当时在联赛最后一轮，在比赛进行到90分钟却被对手汉堡足球俱乐部射手谢尔盖·巴巴雷茨攻破球门，使得冠军就要旁落的不利情况下，凭借帕特里克·安德森在补时阶段最后时刻的禁区内间接任意球逼平汉堡队，在最后时刻夺得德甲冠军。不久之后，拜仁在欧洲冠军杯决赛上依靠点球击败了瓦伦西亚足球俱乐部，在时隔25年之后重新捧起欧洲冠军杯。2001-02赛季初，拜仁获得了丰田杯的冠军，但之后球队在其它赛事乏善可陈。2002-03赛季，拜仁获得了球队历史上的第四个联赛和德国杯双冠王，领先第二名26分的成绩也创造了德甲联赛的历史。希斯菲尔德的王朝在2004年终结，该年拜仁的表现令人失望，并且在德国杯赛也负于乙级球队亚琛足球俱乐部而止步不前。菲利克斯·马加特接过了球队的教鞭，并带领拜仁获得了两个联赛和德国杯赛双冠王。在2005-06赛季开始之初，拜仁的主场由原来的奥林匹克体育场搬迁至了新的安联竞技场，新的球场同样是与同城对手慕尼黑1860足球俱乐部共同拥有。拜仁在2006-07赛季的表现并不稳定，联赛表现不佳并且在德国杯赛再次输给了亚琛，马加特也在冬歇期过后不久离开了帅位。