十九世纪起这些非教团教会的成员，为自己在教育及事业上所遭受的次等地位，日益感到不耐并心生强烈的不满，导致塔加鹿log)人所组成军队，在1843年爆发一场公开的叛乱。但是，这次叛乱并未唤醒西班牙政府重视此一问题，甚至还在1859年耶稣会重返菲律宾归还其原有教区的同时，为了弥补原本接手耶稣会教区的奥古斯丁静修会的损失，而将马尼拉地区一些已分配给非教团教会的教区转让给奥古斯丁静修会。此举更加引起非教团教会成员的愤怒而引发一连串的陈情与抗议行动，其中又以拥有多项博硕士学位的荷西．布尔戈斯(jos’eburgos)神父最负盛名。只是，如同所有革命即将爆发前的共通点一般，西班牙殖民当局并未正视产生这些冲突的症结所在，反而在1872年趁着镇压一场由昧斯地索族群主导的军事叛变的同时，指控这些神职人员涉入叛变而将他们逮捕处决，颇受菲律宾人民敬重的荷西．布尔戈斯神父亦惨遭毒手，其它的一些自由派分子则被迫纷纷离开菲律宾逃往海外。

这股来自非教团教会的不满情绪，便逐渐地与前往欧洲大陆游学的克里欧优学子相结合，在接受到欧洲大陆自由主义的熏陶后，开始称呼自己为菲律宾人（filipino），联手向西班牙母国政府争取菲律宾人的权益，后人称之为菲律宾民族主义或民族意识的觉醒。一场缘自于半岛人教团教会与菲岛土生西班牙人非教团教会之间的利益冲突，最后竟演变成近代菲律宾民族主义的起源。由温和争权而激烈反抗十九世纪后半起，与西班牙人殖民统治抗争的性质开始有了转变，从原先的不满西班牙母国不公平待遇，逐渐地转变成民族意识的对立。土生西班牙人及混血儿族群逐渐洞察到，要摆脱势单力薄的困境，唯有结合菲律宾原住民的力量方得以达成，自此他们原先所自视的菲律宾人一词便扩大其范围，纯马来人种的菲律宾原住民也开始成为菲律宾人的一员。自菲律宾殖民政府处死布尔戈斯等三名极负声望传教士后，许多改革派人士便陆续地逃往海外，而此时正处于国内政局动荡不安的宗主国首都马德里，便成为了这些流亡海外人士表达改革诉求的新舞台。

1880年代起他们展开了一场称之为宣传运动的诉求，希望透过在西班牙本土办报与发行刊物来宣传他们的改革理念。而这些参与宣传运动的分子，虽然对西班牙在菲岛的殖民统治有所不满，但基本上在情感上仍认同西班牙母国而不主张独立，希望以温和的方式表达要求改革的诉求。宣传运动中较为后人所知晓的人物，即为荷西·黎刹（jos’erizal），人文素养深厚且不具个人野心的他在宣传运动中属于温和改革者，黎?并不激进地反对西班牙在菲岛的殖民，亦未明白表示过脱离西班牙独立。

黎?于1892年6月返回马尼拉成立一个非暴力诉求的改革团体菲律宾联盟（ligafilipina）后不久，便遭到殖民政府的逮捕而被流放至棉兰佬，菲律宾联盟的运作也因此而几乎名存实亡。事实上，在宣传运动后期，人数较多的菲华昧斯地索族群，反西班牙殖民统治的情绪已逐渐升高，导致原先参与的克里欧优的不满，而渐渐分道扬镳。自此整个运动的走向渐渐迈向独立的道路，而一个矢志以推翻西班牙人殖民统治为目的的团体卡地普南（katip，亦在主张温和改革的黎?遭政府逮捕时正式成立。西班牙殖民政府流放黎?的命令，无疑是替改革主义者敲响了丧钟，而替革命分子吹起了冲锋号角，一场宗主国与殖民地之间波涛汹涌的动乱即将到来。

四、【独立战争的源头】――卡地普南的革命道路

卡地普南的创始人安德列斯．博尼法西欧（andresbonif，出身贫困，他靠着自学接触到欧洲的新思潮，而渐渐对西班牙人统治菲律宾的现况不满，开始积极地参与许多改革派的聚会，后来在菲律宾联盟成立时，也加入此一改革团体。

当黎?被捕流放后，博尼法西欧与他的朋友成立了卡地普南，秘密吸收成员并在各地设立分会，誓言以武力推翻西班牙人的殖民统治。1896年正当他们积极筹画起事，并开始利用各种管道取得军火的同时，革命的行动计画却遭人泄露给殖民政府，博尼法西欧等人因而被迫仓促起事，菲岛反西的武装革命运动，自此如火如荼的展开。

显然，博尼法西欧并不是一个具有军事才能的领导者，他所领导的卡地普南部队，在数次与政府军交锋中惨遭重大伤亡。但是甲米地卡地普南的一个分会，却在具有军事才能的艾米利欧·阿吉纳尔多ldoemilio）领导下取得了不错的战果。自此阿吉纳尔多很快地在组织内取得众望，并在内部的一次重要选举中，取代博尼法西欧的领导地位成为革命政府的总统。不服选举结果的博尼法西欧忿而另组新革命政府。此举却引起阿吉纳尔多等人的不满而下令将其逮捕并进行审判，以企图推翻革命政府为由将他判处死刑，但随后又恐引起众怒而改判为无期徒刑并予以流放。只是，深恐此举将留下无穷后患的阿吉纳尔多，之后又在流放途中派人将博尼法西欧予以秘密地枪决。

这件谋杀事件使得神圣的菲律宾民族革命，自此成为一场虚名而沦为丑陋人性的权力斗争。这位领导菲律宾革命的卡地普南之父，并未在战场上死于他誓言推翻的残暴西班牙人之手，却惨遭自己的菲律宾同胞暨昔日同志秘密枪决。博尼法西欧的死，并未使得阿吉纳尔多所领导的独立政府，从此战胜西班牙人，相反的殖民政府在大批援军抵菲后，更加紧对阿吉纳尔多等人进行围剿。

1897年5月，面对西班牙优势的火力，阿吉纳尔多等人被迫放弃原有的根据地甲米地，于8月初突破西班牙人的重重包围逃到布拉干（bul的破石洞（byak－na－bato）山区。自此西班牙与菲律宾独立分子的战事，除了少数的零星战斗外，双方陷入对峙的僵局中。新到任不久的总督里维拉（fernandoprimoderivera）开始与独立分子进行接触，试图以和平的方式解决问题。而在双方进行媾和协商的同时，阿吉纳尔多与同伴则于11月1日通过他们所制定的一部临时宪法，之后并宣布菲律宾共和国成立，由阿吉纳尔多担任总统一职，史称该共和国为破石洞共和国。