元丰八年三月，神宗驾崩，哲宗继位，其祖母宣仁太后垂帘听政。邢恕因“定策有功”迁左司员外郎、起居舍人。邢恕不甘寂寞，又引经据典为公绘拟写奏折，乞尊崇朱太妃，为高氏异日打算。宣仁太后阅罢奏折，颇感惊讶，问公绘：“你平素不多识字，如何写出这等文章？从实讲来！”公绘不敢隐瞒，具实以奏。太后一怒之下将邢恕黜为随州知府，后又改为汝襄、河阳知府。

哲宗绍圣初年（1094年），章惇、蔡卞得政，力排元祐党人，引恕自助，召为刑部侍郎、再迁史部尚书兼侍读，旋改御史中丞。老实说邢恕是个颇不知好歹的家伙，一下爬上来又反诬宣仁太后当年有废哲宗之谋，并引用司马光所说的北齐娄后宣政故事以作佐证。又让宣仁太后的伯父高速裕之子高士京追讼他父亲生前，王珪曾和他哥哥高士充谋议拥立雍王，遭到高遵裕的反对。还让蔡懋上疏弹劾文及甫和拟隐辞，历抵梁涛、刘挚曾阴图不轨。又给司马光、吕公著加了一大堆罪名。章惇命蔡京在同文馆设狱，组织万端，详察此事，结果毫无所得，绝属子虚乌有。邢恕却毫无愧色，抬然自得。邢恕不仅会罗织莫虚有的罪名上谤君后，下诬忠良，也会装模做样地取悦皇上。有一次在经筵读宝训，讲到仁宗皇帝谕辅臣说人君如修举政事，“则日月薄食、星文变见为不足虑”，邢恕说：“上皇所言虽合《荀子》之说，然而自古帝王谁肯说自己是不修政事之人，果真如此，则天变进废了。”哲宗对邢恕颇为嘉赏，但章惇恐他出了风头夺了己位，寻了个借口，又将他贬为汝州知府，不久又迁徒到应天府，后来又迁为南安军知事。

徽宗继位，蔡京专权，又起用邢恕为鏖延经略安抚使，不久又改为泾原经略安抚使，擢至龙图阁学士。恰好逢西夏人南侵，蔡京又任用他为西北边帅。邢恕网罗罪名还有一套，领兵杀敌却是一窍不通。他一会儿建筑萧阁，一会儿用车战法，一会儿又改熙河造船，计谋迂诞，根本行不通。转运使李复直言不讳地说邢恕的计谋简直如同儿戏。徽宗也很恼恨他的乖张战术，无奈蔡京力荐其“贤”，不得罢免。可惜邢恕自己不给自己争气，边关日见吃紧，报急的文书日至京师五、六次，蔡京也慌了手脚，贬逐邢恕为太原知府，后连又徒永兴、疑昌、真定，最后夺了他的职。